امتیاز ویژه روحانیت شیعه بر روحانیت سنی استقلال روحانیت شیعه از حاکمیت بوده است. طی قرنهای طولانی فعالیت حوزه های علمیه استقلال از حکومت ها موجب گردید این مکان های معنوی در قلوب ملت جایگاه عزیزی داشته باشد.
  
اولین حوزه علمیه بزرگ شیعی را امام محمدباقر و امام جعفرصادق شکوه بخشیدند و شاگردان بزرگی در آن حوزه های دینی  پرورش یافتند. امامان منتقد حکومت، شاگردان و مریدان آنها توانستند با بحث و درس خود به علوم دینی عمق و پویایی بخشیده و دامنه نفوذ اسلام را از ممالک اسلامی به کشورهای آفریقایی و هند و مالزی و اندونزی و کشورهای دیگر گسترش دهند. اسلام بدون جنگ و خونریزی و با استدلال ومنطق و نفوذ در دلها بر چندین کشور حاکمیت یافت و دین رسمی اکثریت مردم آن دیارها گردید. شهد شیرین منطق و عرفان و علم پروری مسلمین ملتها را جذب خود می نمود. و در این بین علما و اندیشمندان و حوزه های دینی نقش ویژه ای ایفا می نمودند. در دامان حوزه های مستقل و منتقد حکومت بزرگانی چون محقق اردبیلی، علامه حلی، ابوریحان بیرونی، بو علی سینا، شیح مرتضی انصاری، محمد باقر صدر، بروجردی، علامه طباطبائی، خمینی، منتظری و علما و حکمای بزرگی پرورش یافتند که فخر اسلام و بشریت بوده اند. اما از حوزه های دولتی اهل سنت که وابسته به حکومت بودند عالمان بزرگ و افتخار آفرین کمی تحویل جامعه بشری گردید. به گفته استاد مطهری امتیاز ویژه روحانیت شیعه بر روحانیت سنی استقلال روحانیت شیعه از حاکمیت بوده است. روحانیت شیعه در دوران حاکمیت صفویه که اولین حکومت مستقل شیعی را در ایران ایجاد نمودند ارتباط نزدیکی با حاکمیت داشتند و شیخ السلام دربار که اختیار قضاوت و پاسخگویی به مسائل دینی را بر عهده داشت توسط شاه انتخاب می شد که مطرح ترین این افراد شیخ بهایی در شروع حکومت صفویه و مجلسی در خاتمه آن بودند که البته شیخ بهایی استقلال خود از حکومت را حفظ نموده بود و شاه آن دوره نیز از ممتازترین شاهان کشور بود. بهر حال طی قرنهای طولانی فعالیت حوزه های علمیه استقلال از حکومت ها موجب گردید این مکان های معنوی در قلوب ملت جایگاه عزیزی داشته باشد و بسیاری از مشکلات شرعی و اجتماعی جامعه اسلامی توسط مراجع و مجتهدین پاسخگویی گردید. مردم خود را مکلف می دانستند وجوهات شرعی را به مراجع بزرگوار تقلید پرداخت کنند و این مهم منجر به افزایش توان ونفوذ مراجع معظم تقلید در جهت کمک به از راه ماندگان و ایتام و پرداخت شهریه طلبه ها می گردید به این ترتیب هم حوزه ها مستقل از حکومت بودند و هم دامنه نفوذ  مراجع عالیقدر تقلید در بین مردم افزایش می یافت و حکومت نیز مجبور بود نگرانی ها و ملاحظات اجتماعی و دینی مراجع اعلم تقلید را مد نظر قرار دهد کما اینکه محمد رضا شاه احترام آیت الله بروجردی را حفظ می کرد و ملاحظات ایشان را تا حدودی در نظر می گرفت.  بعد از پیروزی انقلاب ملت ایران به رهبری یک مرجع تقلید و واگذاری زمام حکومت به آن مرجع ،  حوزه های علمیه به مرور خود را جزئی از حاکمیت یافتند و دولت نیز حوزه ها را مورد حمایت مالی قرار می داد به این ترتیب این نگرانی که حوزه های علمیه زیر نفوذ حاکمیت قرار گرفته و استقلال سیاسی و اقتصادی خود را از دست دهند روز به روز افزایش یافته و اکنون یکی از دغدغه های بزرگ دوستداران دین و مرجعیت و اسلام ناب است. در حوزه های علمیه تشکیلاتی ایجاد شده به نام جامعه مدرسین حوزه علمیه قم که اصلی ترین تشکیلات روحانی حوزه قم است. معرفی مراجع اعلم تقلید و سیاست گذاری های کلان حوزه علمیه به این مجموعه مهم ارتباط دارد. موضع گیری های سیاسی جامعه مدرسین موجب نگرانی دوستداران استقلال حوزه های علمیه شده چرا که این مجموعه هرگز موضع انتقادی نسبت به حاکمیت از خود بروز نمی دهد و صرفا به حمایت از عملکرد حاکمیت مبادرت می نماید. مسلما نمی توان ادعا نمود که حاکمیت از عصمت برخوردار است چرا که متصدیان قوای مجریه، مقننه و قضائیه دارای مشکلات بسیاری بوده و رهبری نیز علارقم ویژگی های مثبت بسیاری که دارند مصون از خطا نمی باشند. حتی امام علی که معصوم بودند نسبت به عملکرد حاکمان برخی بلاد تحت نفوذ خود انتقاد داشتند.
طی سالهای بعد از پیروزی انقلاب اسلامی مردم متدین نسبت به پرداخت وجوهات شرعی اهمیت لازم را ندادند و این ضعف منجر به کاهش توان مالی مراجع عالی قدر تقلید گردید این مراجع بزرگوار می بایست شهریه طلبه ها را پرداخت نمایند و به فقرا و از کار افتادگان و در راه ماندگان کمک کنند اما به علت ضعف مردم در پرداخت وجوهات شرعیه چنین توان مالی را ندارند لذا مجبور به قبول کمک های دولتی و وابستگی مالی به دولتها شده اند به این ترتیب استقلال حوزه های علمیه که مهترین وجه تمایز علمای شیعه بر علمای سنی است در حال خدشه دیدن است و ادامه این روند مذهب شیعه و فقه جعفری را به سرانجام نا میمون مواجه خواهد نمود.